Dependencies
Provides
- perl(Bio::Align::AlignI)
- perl(Bio::Align::DNAStatistics)
- perl(Bio::Align::Graphics)
- perl(Bio::Align::PairwiseStatistics)
- perl(Bio::Align::ProteinStatistics)
- perl(Bio::Align::StatisticsI)
- perl(Bio::Align::Utilities)
- perl(Bio::AlignIO)
- perl(Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler)
- perl(Bio::AlignIO::arp)
- perl(Bio::AlignIO::bl2seq)
- perl(Bio::AlignIO::clustalw)
- perl(Bio::AlignIO::emboss)
- perl(Bio::AlignIO::fasta)
- perl(Bio::AlignIO::largemultifasta)
- perl(Bio::AlignIO::maf)
- perl(Bio::AlignIO::mase)
- perl(Bio::AlignIO::mega)
- perl(Bio::AlignIO::meme)
- perl(Bio::AlignIO::metafasta)
- perl(Bio::AlignIO::msf)
- perl(Bio::AlignIO::nexml)
- perl(Bio::AlignIO::nexus)
- perl(Bio::AlignIO::pfam)
- perl(Bio::AlignIO::phylip)
- perl(Bio::AlignIO::po)
- perl(Bio::AlignIO::proda)
- perl(Bio::AlignIO::prodom)
- perl(Bio::AlignIO::psi)
- perl(Bio::AlignIO::selex)
- perl(Bio::AlignIO::stockholm)
- perl(Bio::AlignIO::xmfa)
- perl(Bio::AnalysisI)
- perl(Bio::AnalysisI::JobI)
- perl(Bio::AnalysisParserI)
- perl(Bio::AnalysisResultI)
- perl(Bio::AnnotatableI)
- perl(Bio::Annotation::AnnotationFactory)
- perl(Bio::Annotation::Collection)
- perl(Bio::Annotation::Comment)
- perl(Bio::Annotation::DBLink)
- perl(Bio::Annotation::OntologyTerm)
- perl(Bio::Annotation::Reference)
- perl(Bio::Annotation::Relation)
- perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
- perl(Bio::Annotation::StructuredValue)
- perl(Bio::Annotation::TagTree)
- perl(Bio::Annotation::Target)
- perl(Bio::Annotation::Tree)
- perl(Bio::Annotation::TypeManager)
- perl(Bio::AnnotationCollectionI)
- perl(Bio::AnnotationI)
- perl(Bio::Assembly::Contig)
- perl(Bio::Assembly::ContigAnalysis)
- perl(Bio::Assembly::IO)
- perl(Bio::Assembly::IO::ace)
- perl(Bio::Assembly::IO::bowtie)
- perl(Bio::Assembly::IO::maq)
- perl(Bio::Assembly::IO::phrap)
- perl(Bio::Assembly::IO::sam)
- perl(Bio::Assembly::IO::tigr)
- perl(Bio::Assembly::Scaffold)
- perl(Bio::Assembly::ScaffoldI)
- perl(Bio::Assembly::Singlet)
- perl(Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum)
- perl(Bio::Cluster::ClusterFactory)
- perl(Bio::Cluster::FamilyI)
- perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
- perl(Bio::Cluster::UniGene)
- perl(Bio::Cluster::UniGeneI)
- perl(Bio::ClusterI)
- perl(Bio::ClusterIO)
- perl(Bio::ClusterIO::dbsnp)
- perl(Bio::ClusterIO::unigene)
- perl(Bio::CodonUsage::IO)
- perl(Bio::CodonUsage::Table)
- perl(Bio::Coordinate::Chain)
- perl(Bio::Coordinate::Collection)
- perl(Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair)
- perl(Bio::Coordinate::GeneMapper)
- perl(Bio::Coordinate::Graph)
- perl(Bio::Coordinate::MapperI)
- perl(Bio::Coordinate::Pair)
- perl(Bio::Coordinate::Result)
- perl(Bio::Coordinate::Result::Gap)
- perl(Bio::Coordinate::Result::Match)
- perl(Bio::Coordinate::ResultI)
- perl(Bio::Coordinate::Utils)
- perl(Bio::DB::Ace)
- perl(Bio::DB::BioFetch)
- perl(Bio::DB::CUTG)
- perl(Bio::DB::DBFetch)
- perl(Bio::DB::EMBL)
- perl(Bio::DB::EntrezGene)
- perl(Bio::DB::Expression)
- perl(Bio::DB::Expression::geo)
- perl(Bio::DB::Failover)
- perl(Bio::DB::Fasta)
- perl(Bio::DB::Fasta::Subdir)
- perl(Bio::DB::FileCache)
- perl(Bio::DB::Flat)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB::embl)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB::fasta)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB::genbank)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB::swiss)
- perl(Bio::DB::Flat::BinarySearch)
- perl(Bio::DB::GFF)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::ace)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::faux_dbh)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::clone)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::coding)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::gene)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::match)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::none)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::orf)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene)
- perl(Bio::DB::GFF::Featname)
- perl(Bio::DB::GFF::Feature)
- perl(Bio::DB::GFF::FeatureIterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Homol)
- perl(Bio::DB::GFF::ID_Iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::RelSegment)
- perl(Bio::DB::GFF::Segment)
- perl(Bio::DB::GFF::Typename)
- perl(Bio::DB::GFF::Util::Binning)
- perl(Bio::DB::GFF::Util::Rearrange)
- perl(Bio::DB::GenBank)
- perl(Bio::DB::GenPept)
- perl(Bio::DB::GenericWebAgent)
- perl(Bio::DB::HIV)
- perl(Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor)
- perl(Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper)
- perl(Bio::DB::InMemoryCache)
- perl(Bio::DB::Indexed::Stream)
- perl(Bio::DB::IndexedBase)
- perl(Bio::DB::LocationI)
- perl(Bio::DB::MeSH)
- perl(Bio::DB::NCBIHelper)
- perl(Bio::DB::Qual)
- perl(Bio::DB::Query::GenBank)
- perl(Bio::DB::Query::HIVQuery)
- perl(Bio::DB::Query::WebQuery)
- perl(Bio::DB::QueryI)
- perl(Bio::DB::RandomAccessI)
- perl(Bio::DB::RefSeq)
- perl(Bio::DB::ReferenceI)
- perl(Bio::DB::Registry)
- perl(Bio::DB::SeqFeature)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Segment)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureIterator)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper) = 1.100.0
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb::Iterator)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory::Iterator)
- perl(Bio::DB::SeqHound)
- perl(Bio::DB::SeqI)
- perl(Bio::DB::SeqVersion)
- perl(Bio::DB::SeqVersion::gi)
- perl(Bio::DB::SwissProt)
- perl(Bio::DB::TFBS)
- perl(Bio::DB::TFBS::transfac_pro)
- perl(Bio::DB::Taxonomy)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::entrez)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::flatfile)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::greengenes)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::list)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::silva)
- perl(Bio::DB::Universal)
- perl(Bio::DB::UpdateableSeqI)
- perl(Bio::DB::WebDBSeqI)
- perl(Bio::DBLinkContainerI)
- perl(Bio::Das::FeatureTypeI)
- perl(Bio::Das::SegmentI)
- perl(Bio::DasI)
- perl(Bio::DescribableI)
- perl(Bio::Draw::Pictogram)
- perl(Bio::Event::EventGeneratorI)
- perl(Bio::Event::EventHandlerI)
- perl(Bio::Factory::AnalysisI)
- perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
- perl(Bio::Factory::DriverFactory)
- perl(Bio::Factory::FTLocationFactory)
- perl(Bio::Factory::LocationFactoryI)
- perl(Bio::Factory::MapFactoryI)
- perl(Bio::Factory::ObjectBuilderI)
- perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
- perl(Bio::Factory::ObjectFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
- perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SequenceFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SequenceProcessorI)
- perl(Bio::Factory::SequenceStreamI)
- perl(Bio::Factory::TreeFactoryI)
- perl(Bio::FeatureHolderI)
- perl(Bio::HandlerBaseI)
- perl(Bio::IdCollectionI)
- perl(Bio::IdentifiableI)
- perl(Bio::Index::Abstract)
- perl(Bio::Index::AbstractSeq)
- perl(Bio::Index::Blast)
- perl(Bio::Index::BlastTable)
- perl(Bio::Index::EMBL)
- perl(Bio::Index::Fasta)
- perl(Bio::Index::Fastq)
- perl(Bio::Index::GenBank)
- perl(Bio::Index::Hmmer)
- perl(Bio::Index::Qual)
- perl(Bio::Index::Stockholm)
- perl(Bio::Index::SwissPfam)
- perl(Bio::Index::Swissprot)
- perl(Bio::LiveSeq::AARange)
- perl(Bio::LiveSeq::Chain)
- perl(Bio::LiveSeq::ChainI)
- perl(Bio::LiveSeq::DNA)
- perl(Bio::LiveSeq::Exon)
- perl(Bio::LiveSeq::Gene)
- perl(Bio::LiveSeq::IO::BioPerl)
- perl(Bio::LiveSeq::IO::Loader)
- perl(Bio::LiveSeq::Intron)
- perl(Bio::LiveSeq::Mutation)
- perl(Bio::LiveSeq::Mutator)
- perl(Bio::LiveSeq::Prim_Transcript)
- perl(Bio::LiveSeq::Range)
- perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Region)
- perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Unit)
- perl(Bio::LiveSeq::SeqI)
- perl(Bio::LiveSeq::Transcript)
- perl(Bio::LiveSeq::Translation)
- perl(Bio::LocatableSeq)
- perl(Bio::Location::Atomic)
- perl(Bio::Location::AvWithinCoordPolicy)
- perl(Bio::Location::CoordinatePolicyI)
- perl(Bio::Location::Fuzzy)
- perl(Bio::Location::FuzzyLocationI)
- perl(Bio::Location::NarrowestCoordPolicy)
- perl(Bio::Location::Simple)
- perl(Bio::Location::Split)
- perl(Bio::Location::SplitLocationI)
- perl(Bio::Location::WidestCoordPolicy)
- perl(Bio::LocationI)
- perl(Bio::Map::Clone)
- perl(Bio::Map::Contig)
- perl(Bio::Map::CytoMap)
- perl(Bio::Map::CytoMarker)
- perl(Bio::Map::CytoPosition)
- perl(Bio::Map::EntityI)
- perl(Bio::Map::FPCMarker)
- perl(Bio::Map::Gene)
- perl(Bio::Map::GeneMap)
- perl(Bio::Map::GenePosition)
- perl(Bio::Map::GeneRelative)
- perl(Bio::Map::LinkageMap)
- perl(Bio::Map::LinkagePosition)
- perl(Bio::Map::MapI)
- perl(Bio::Map::Mappable)
- perl(Bio::Map::MappableI)
- perl(Bio::Map::Marker)
- perl(Bio::Map::MarkerI)
- perl(Bio::Map::Microsatellite)
- perl(Bio::Map::OrderedPosition)
- perl(Bio::Map::OrderedPositionWithDistance)
- perl(Bio::Map::Physical)
- perl(Bio::Map::Position)
- perl(Bio::Map::PositionHandler)
- perl(Bio::Map::PositionHandlerI)
- perl(Bio::Map::PositionI)
- perl(Bio::Map::PositionWithSequence)
- perl(Bio::Map::Prediction)
- perl(Bio::Map::Relative)
- perl(Bio::Map::RelativeI)
- perl(Bio::Map::SimpleMap)
- perl(Bio::Map::TranscriptionFactor)
- perl(Bio::MapIO)
- perl(Bio::MapIO::fpc)
- perl(Bio::MapIO::mapmaker)
- perl(Bio::Matrix::Generic)
- perl(Bio::Matrix::IO)
- perl(Bio::Matrix::IO::mlagan)
- perl(Bio::Matrix::IO::phylip)
- perl(Bio::Matrix::IO::scoring)
- perl(Bio::Matrix::MatrixI)
- perl(Bio::Matrix::Mlagan)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO::mast)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO::masta)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO::meme)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO::transfac)
- perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSite)
- perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix)
- perl(Bio::Matrix::PSM::ProtPsm)
- perl(Bio::Matrix::PSM::Psm)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeader)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix)
- perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI)
- perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
- perl(Bio::Matrix::Scoring)
- perl(Bio::MolEvol::CodonModel)
- perl(Bio::Nexml::Factory)
- perl(Bio::NexmlIO)
- perl(Bio::Ontology::DocumentRegistry)
- perl(Bio::Ontology::GOterm)
- perl(Bio::Ontology::InterProTerm)
- perl(Bio::Ontology::OBOEngine)
- perl(Bio::Ontology::OBOterm)
- perl(Bio::Ontology::Ontology)
- perl(Bio::Ontology::OntologyEngineI)
- perl(Bio::Ontology::OntologyI)
- perl(Bio::Ontology::OntologyStore)
- perl(Bio::Ontology::Path)
- perl(Bio::Ontology::PathI)
- perl(Bio::Ontology::Relationship)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipFactory)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipI)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipType)
- perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor)
- perl(Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine)
- perl(Bio::Ontology::Term)
- perl(Bio::Ontology::TermFactory)
- perl(Bio::Ontology::TermI)
- perl(Bio::OntologyIO)
- perl(Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler)
- perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler)
- perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler)
- perl(Bio::OntologyIO::InterProParser)
- perl(Bio::OntologyIO::dagflat)
- perl(Bio::OntologyIO::goflat)
- perl(Bio::OntologyIO::obo)
- perl(Bio::OntologyIO::simplehierarchy)
- perl(Bio::OntologyIO::soflat)
- perl(Bio::ParameterBaseI)
- perl(Bio::Perl)
- perl(Bio::Phenotype::Correlate)
- perl(Bio::Phenotype::MeSH::Term)
- perl(Bio::Phenotype::MeSH::Twig)
- perl(Bio::Phenotype::Measure)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser)
- perl(Bio::Phenotype::Phenotype)
- perl(Bio::Phenotype::PhenotypeI)
- perl(Bio::PhyloNetwork)
- perl(Bio::PhyloNetwork::Factory)
- perl(Bio::PhyloNetwork::FactoryX)
- perl(Bio::PhyloNetwork::GraphViz)
- perl(Bio::PhyloNetwork::RandomFactory)
- perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactory)
- perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryMulti)
- perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX)
- perl(Bio::PhyloNetwork::muVector)
- perl(Bio::PopGen::Genotype)
- perl(Bio::PopGen::GenotypeI)
- perl(Bio::PopGen::HtSNP)
- perl(Bio::PopGen::IO)
- perl(Bio::PopGen::IO::csv)
- perl(Bio::PopGen::IO::hapmap)
- perl(Bio::PopGen::IO::phase)
- perl(Bio::PopGen::IO::prettybase)
- perl(Bio::PopGen::Individual)
- perl(Bio::PopGen::IndividualI)
- perl(Bio::PopGen::Marker)
- perl(Bio::PopGen::MarkerI)
- perl(Bio::PopGen::PopStats)
- perl(Bio::PopGen::Population)
- perl(Bio::PopGen::PopulationI)
- perl(Bio::PopGen::Simulation::Coalescent)
- perl(Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift)
- perl(Bio::PopGen::Statistics)
- perl(Bio::PopGen::TagHaplotype)
- perl(Bio::PopGen::Utilities)
- perl(Bio::PrimarySeq)
- perl(Bio::PrimarySeq::Fasta)
- perl(Bio::PrimarySeqI)
- perl(Bio::PullParserI)
- perl(Bio::Range)
- perl(Bio::RangeI)
- perl(Bio::Restriction::Analysis)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite)
- perl(Bio::Restriction::EnzymeCollection)
- perl(Bio::Restriction::EnzymeI)
- perl(Bio::Restriction::IO)
- perl(Bio::Restriction::IO::bairoch)
- perl(Bio::Restriction::IO::base)
- perl(Bio::Restriction::IO::itype2)
- perl(Bio::Restriction::IO::prototype)
- perl(Bio::Restriction::IO::withrefm)
- perl(Bio::Root::Build) = 1.6.924
- perl(Bio::Root::Exception)
- perl(Bio::Root::HTTPget)
- perl(Bio::Root::IO)
- perl(Bio::Root::Root)
- perl(Bio::Root::RootI)
- perl(Bio::Root::Storable)
- perl(Bio::Root::Test)
- perl(Bio::Root::Utilities)
- perl(Bio::Root::Version) = 1.6.924
- perl(Bio::Search::BlastStatistics)
- perl(Bio::Search::BlastUtils)
- perl(Bio::Search::DatabaseI)
- perl(Bio::Search::GenericDatabase)
- perl(Bio::Search::GenericStatistics)
- perl(Bio::Search::HSP::BlastHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::BlastPullHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::FastaHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::HMMERHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::HSPFactory)
- perl(Bio::Search::HSP::HSPI)
- perl(Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::ModelHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::PSLHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::PsiBlastHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::PullHSPI)
- perl(Bio::Search::HSP::WABAHSP)
- perl(Bio::Search::Hit::BlastHit)
- perl(Bio::Search::Hit::BlastPullHit)
- perl(Bio::Search::Hit::Fasta)
- perl(Bio::Search::Hit::GenericHit)
- perl(Bio::Search::Hit::HMMERHit)
- perl(Bio::Search::Hit::HitFactory)
- perl(Bio::Search::Hit::HitI)
- perl(Bio::Search::Hit::HmmpfamHit)
- perl(Bio::Search::Hit::ModelHit)
- perl(Bio::Search::Hit::PsiBlastHit)
- perl(Bio::Search::Hit::PullHitI)
- perl(Bio::Search::Hit::hmmer3Hit)
- perl(Bio::Search::Iteration::GenericIteration)
- perl(Bio::Search::Iteration::IterationI)
- perl(Bio::Search::Processor)
- perl(Bio::Search::Result::BlastPullResult)
- perl(Bio::Search::Result::BlastResult)
- perl(Bio::Search::Result::CrossMatchResult)
- perl(Bio::Search::Result::GenericResult)
- perl(Bio::Search::Result::HMMERResult)
- perl(Bio::Search::Result::HmmpfamResult)
- perl(Bio::Search::Result::PullResultI)
- perl(Bio::Search::Result::ResultFactory)
- perl(Bio::Search::Result::ResultI)
- perl(Bio::Search::Result::WABAResult)
- perl(Bio::Search::Result::hmmer3Result)
- perl(Bio::Search::SearchUtils)
- perl(Bio::Search::StatisticsI)
- perl(Bio::Search::Tiling::MapTileUtils)
- perl(Bio::Search::Tiling::MapTiling)
- perl(Bio::Search::Tiling::TilingI)
- perl(Bio::SearchDist)
- perl(Bio::SearchIO)
- perl(Bio::SearchIO::EventHandlerI)
- perl(Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder)
- perl(Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder)
- perl(Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder)
- perl(Bio::SearchIO::SearchWriterI)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter)
- perl(Bio::SearchIO::XML::BlastHandler)
- perl(Bio::SearchIO::XML::PsiBlastHandler)
- perl(Bio::SearchIO::axt)
- perl(Bio::SearchIO::blast)
- perl(Bio::SearchIO::blast_pull)
- perl(Bio::SearchIO::blasttable)
- perl(Bio::SearchIO::blastxml)
- perl(Bio::SearchIO::cross_match)
- perl(Bio::SearchIO::erpin)
- perl(Bio::SearchIO::exonerate)
- perl(Bio::SearchIO::fasta)
- perl(Bio::SearchIO::gmap_f9)
- perl(Bio::SearchIO::hmmer)
- perl(Bio::SearchIO::hmmer2)
- perl(Bio::SearchIO::hmmer3)
- perl(Bio::SearchIO::hmmer_pull)
- perl(Bio::SearchIO::infernal)
- perl(Bio::SearchIO::megablast)
- perl(Bio::SearchIO::psl)
- perl(Bio::SearchIO::rnamotif)
- perl(Bio::SearchIO::sim4)
- perl(Bio::SearchIO::waba)
- perl(Bio::SearchIO::wise)
- perl(Bio::Seq)
- perl(Bio::Seq::BaseSeqProcessor)
- perl(Bio::Seq::EncodedSeq)
- perl(Bio::Seq::LargeLocatableSeq)
- perl(Bio::Seq::LargePrimarySeq)
- perl(Bio::Seq::LargeSeq)
- perl(Bio::Seq::LargeSeqI)
- perl(Bio::Seq::Meta)
- perl(Bio::Seq::Meta::Array)
- perl(Bio::Seq::MetaI)
- perl(Bio::Seq::PrimaryQual)
- perl(Bio::Seq::PrimaryQual::Qual)
- perl(Bio::Seq::PrimedSeq)
- perl(Bio::Seq::QualI)
- perl(Bio::Seq::Quality)
- perl(Bio::Seq::RichSeq)
- perl(Bio::Seq::RichSeqI)
- perl(Bio::Seq::SeqBuilder)
- perl(Bio::Seq::SeqFactory)
- perl(Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory)
- perl(Bio::Seq::SeqWithQuality)
- perl(Bio::Seq::SequenceTrace)
- perl(Bio::Seq::SimulatedRead)
- perl(Bio::Seq::TraceI)
- perl(Bio::SeqAnalysisParserI)
- perl(Bio::SeqEvolution::DNAPoint)
- perl(Bio::SeqEvolution::EvolutionI)
- perl(Bio::SeqEvolution::Factory)
- perl(Bio::SeqFeature::Amplicon)
- perl(Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor)
- perl(Bio::SeqFeature::Collection)
- perl(Bio::SeqFeature::CollectionI)
- perl(Bio::SeqFeature::Computation)
- perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::ExonI)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Intron)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Promoter)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::UTR)
- perl(Bio::SeqFeature::Generic)
- perl(Bio::SeqFeature::Lite)
- perl(Bio::SeqFeature::PositionProxy)
- perl(Bio::SeqFeature::Primer)
- perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo)
- perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair)
- perl(Bio::SeqFeature::Similarity)
- perl(Bio::SeqFeature::SimilarityPair)
- perl(Bio::SeqFeature::SubSeq)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)
- perl(Bio::SeqFeature::TypedSeqFeatureI)
- perl(Bio::SeqFeatureI)
- perl(Bio::SeqI)
- perl(Bio::SeqIO)
- perl(Bio::SeqIO::FTHelper)
- perl(Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler)
- perl(Bio::SeqIO::MultiFile)
- perl(Bio::SeqIO::abi)
- perl(Bio::SeqIO::ace)
- perl(Bio::SeqIO::agave)
- perl(Bio::SeqIO::alf)
- perl(Bio::SeqIO::asciitree)
- perl(Bio::SeqIO::bsml)
- perl(Bio::SeqIO::bsml_sax)
- perl(Bio::SeqIO::chadoxml)
- perl(Bio::SeqIO::chaos)
- perl(Bio::SeqIO::chaosxml)
- perl(Bio::SeqIO::ctf)
- perl(Bio::SeqIO::embl)
- perl(Bio::SeqIO::embldriver)
- perl(Bio::SeqIO::entrezgene)
- perl(Bio::SeqIO::excel)
- perl(Bio::SeqIO::exp)
- perl(Bio::SeqIO::fasta)
- perl(Bio::SeqIO::fastq)
- perl(Bio::SeqIO::flybase_chadoxml)
- perl(Bio::SeqIO::game)
- perl(Bio::SeqIO::game::featHandler)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameHandler)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameSubs)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameWriter)
- perl(Bio::SeqIO::game::seqHandler)
- perl(Bio::SeqIO::gbdriver)
- perl(Bio::SeqIO::gbxml)
- perl(Bio::SeqIO::gcg)
- perl(Bio::SeqIO::genbank)
- perl(Bio::SeqIO::interpro)
- perl(Bio::SeqIO::kegg)
- perl(Bio::SeqIO::largefasta)
- perl(Bio::SeqIO::lasergene)
- perl(Bio::SeqIO::locuslink)
- perl(Bio::SeqIO::mbsout)
- perl(Bio::SeqIO::metafasta)
- perl(Bio::SeqIO::msout)
- perl(Bio::SeqIO::nexml)
- perl(Bio::SeqIO::phd)
- perl(Bio::SeqIO::pir)
- perl(Bio::SeqIO::pln)
- perl(Bio::SeqIO::qual)
- perl(Bio::SeqIO::raw)
- perl(Bio::SeqIO::scf)
- perl(Bio::SeqIO::seqxml)
- perl(Bio::SeqIO::strider)
- perl(Bio::SeqIO::swiss)
- perl(Bio::SeqIO::swissdriver)
- perl(Bio::SeqIO::tab)
- perl(Bio::SeqIO::table)
- perl(Bio::SeqIO::tigr)
- perl(Bio::SeqIO::tigrxml)
- perl(Bio::SeqIO::tinyseq)
- perl(Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler)
- perl(Bio::SeqIO::ztr)
- perl(Bio::SeqUtils)
- perl(Bio::SimpleAlign)
- perl(Bio::SimpleAnalysisI)
- perl(Bio::Species)
- perl(Bio::Structure::Atom)
- perl(Bio::Structure::Chain)
- perl(Bio::Structure::Entry)
- perl(Bio::Structure::IO)
- perl(Bio::Structure::IO::pdb)
- perl(Bio::Structure::Model)
- perl(Bio::Structure::Residue)
- perl(Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res)
- perl(Bio::Structure::SecStr::STRIDE::Res)
- perl(Bio::Structure::StructureI)
- perl(Bio::Symbol::Alphabet)
- perl(Bio::Symbol::AlphabetI)
- perl(Bio::Symbol::DNAAlphabet)
- perl(Bio::Symbol::ProteinAlphabet)
- perl(Bio::Symbol::Symbol)
- perl(Bio::Symbol::SymbolI)
- perl(Bio::Taxon)
- perl(Bio::Taxonomy)
- perl(Bio::Taxonomy::FactoryI)
- perl(Bio::Taxonomy::Node)
- perl(Bio::Taxonomy::Taxon)
- perl(Bio::Taxonomy::Tree)
- perl(Bio::Tools::AlignFactory)
- perl(Bio::Tools::Alignment::Consed)
- perl(Bio::Tools::Alignment::Trim)
- perl(Bio::Tools::AmpliconSearch)
- perl(Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::GOR4)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite)
- perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma)
- perl(Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase)
- perl(Bio::Tools::AnalysisResult)
- perl(Bio::Tools::Blat)
- perl(Bio::Tools::CodonTable)
- perl(Bio::Tools::Coil)
- perl(Bio::Tools::ECnumber)
- perl(Bio::Tools::EMBOSS::Palindrome)
- perl(Bio::Tools::EPCR)
- perl(Bio::Tools::ERPIN)
- perl(Bio::Tools::ESTScan)
- perl(Bio::Tools::Eponine)
- perl(Bio::Tools::Est2Genome)
- perl(Bio::Tools::Fgenesh)
- perl(Bio::Tools::FootPrinter)
- perl(Bio::Tools::GFF)
- perl(Bio::Tools::Gel)
- perl(Bio::Tools::Geneid)
- perl(Bio::Tools::Genemark)
- perl(Bio::Tools::Genewise)
- perl(Bio::Tools::Genomewise)
- perl(Bio::Tools::Genscan)
- perl(Bio::Tools::Glimmer)
- perl(Bio::Tools::Grail)
- perl(Bio::Tools::GuessSeqFormat)
- perl(Bio::Tools::HMMER::Domain)
- perl(Bio::Tools::HMMER::Results)
- perl(Bio::Tools::HMMER::Set)
- perl(Bio::Tools::Hmmpfam)
- perl(Bio::Tools::IUPAC)
- perl(Bio::Tools::Infernal)
- perl(Bio::Tools::Lucy)
- perl(Bio::Tools::MZEF)
- perl(Bio::Tools::Match)
- perl(Bio::Tools::OddCodes)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Gerp)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Gumby)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::Codeml)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::ModelResult)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::Result)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist)
- perl(Bio::Tools::Prediction::Exon)
- perl(Bio::Tools::Prediction::Gene)
- perl(Bio::Tools::Primer3)
- perl(Bio::Tools::Primer::Assessor::Base)
- perl(Bio::Tools::Primer::AssessorI)
- perl(Bio::Tools::Primer::Feature)
- perl(Bio::Tools::Primer::Pair)
- perl(Bio::Tools::Prints)
- perl(Bio::Tools::Profile)
- perl(Bio::Tools::Promoterwise)
- perl(Bio::Tools::PrositeScan)
- perl(Bio::Tools::Protparam)
- perl(Bio::Tools::Pseudowise)
- perl(Bio::Tools::QRNA)
- perl(Bio::Tools::RNAMotif)
- perl(Bio::Tools::RandomDistFunctions)
- perl(Bio::Tools::RepeatMasker)
- perl(Bio::Tools::Run::GenericParameters)
- perl(Bio::Tools::Run::ParametersI)
- perl(Bio::Tools::Run::RemoteBlast)
- perl(Bio::Tools::Run::StandAloneBlast)
- perl(Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast)
- perl(Bio::Tools::Run::StandAloneWUBlast)
- perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)
- perl(Bio::Tools::Seg)
- perl(Bio::Tools::SeqPattern)
- perl(Bio::Tools::SeqPattern::Backtranslate)
- perl(Bio::Tools::SeqStats)
- perl(Bio::Tools::SeqWords)
- perl(Bio::Tools::SiRNA)
- perl(Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::saigo)
- perl(Bio::Tools::SiRNA::Ruleset::tuschl)
- perl(Bio::Tools::Sigcleave)
- perl(Bio::Tools::Signalp)
- perl(Bio::Tools::Signalp::ExtendedSignalp)
- perl(Bio::Tools::Sim4::Exon)
- perl(Bio::Tools::Sim4::Results)
- perl(Bio::Tools::Spidey::Exon)
- perl(Bio::Tools::Spidey::Results)
- perl(Bio::Tools::TandemRepeatsFinder)
- perl(Bio::Tools::TargetP)
- perl(Bio::Tools::Tmhmm)
- perl(Bio::Tools::dpAlign)
- perl(Bio::Tools::ipcress)
- perl(Bio::Tools::isPcr)
- perl(Bio::Tools::pICalculator)
- perl(Bio::Tools::pSW)
- perl(Bio::Tools::tRNAscanSE)
- perl(Bio::Tree::AlleleNode)
- perl(Bio::Tree::AnnotatableNode)
- perl(Bio::Tree::Compatible)
- perl(Bio::Tree::DistanceFactory)
- perl(Bio::Tree::Draw::Cladogram)
- perl(Bio::Tree::Node)
- perl(Bio::Tree::NodeI)
- perl(Bio::Tree::NodeNHX)
- perl(Bio::Tree::RandomFactory)
- perl(Bio::Tree::Statistics)
- perl(Bio::Tree::Tree)
- perl(Bio::Tree::TreeFunctionsI)
- perl(Bio::Tree::TreeI)
- perl(Bio::TreeIO)
- perl(Bio::TreeIO::NewickParser)
- perl(Bio::TreeIO::TreeEventBuilder)
- perl(Bio::TreeIO::cluster)
- perl(Bio::TreeIO::lintree)
- perl(Bio::TreeIO::newick)
- perl(Bio::TreeIO::nexml)
- perl(Bio::TreeIO::nexus)
- perl(Bio::TreeIO::nhx)
- perl(Bio::TreeIO::pag)
- perl(Bio::TreeIO::phyloxml)
- perl(Bio::TreeIO::svggraph)
- perl(Bio::TreeIO::tabtree)
- perl(Bio::UpdateableSeqI)
- perl(Bio::Variation::AAChange)
- perl(Bio::Variation::AAReverseMutate)
- perl(Bio::Variation::Allele)
- perl(Bio::Variation::DNAMutation)
- perl(Bio::Variation::IO)
- perl(Bio::Variation::IO::flat)
- perl(Bio::Variation::IO::xml)
- perl(Bio::Variation::RNAChange)
- perl(Bio::Variation::SNP)
- perl(Bio::Variation::SeqDiff)
- perl(Bio::Variation::VariantI)
- perl(Bio::WebAgent)
- perl(FeatureStore)
- perl-BioPerl = 1.6.924-10.mga6
- perl-bioperl
Requires
- perl >= 0:5.008003
- perl(Ace)
- perl(Algorithm::Munkres)
- perl(AnyDBM_File)
- perl(Array::Compare)
- perl(Bio::ASN1::EntrezGene)
- perl(Bio::Align::AlignI)
- perl(Bio::Align::DNAStatistics)
- perl(Bio::Align::PairwiseStatistics)
- perl(Bio::Align::StatisticsI)
- perl(Bio::AlignIO)
- perl(Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler)
- perl(Bio::AlignIO::nexml)
- perl(Bio::AnalysisParserI)
- perl(Bio::AnalysisResultI)
- perl(Bio::AnnotatableI)
- perl(Bio::Annotation::AnnotationFactory)
- perl(Bio::Annotation::Collection)
- perl(Bio::Annotation::Comment)
- perl(Bio::Annotation::DBLink)
- perl(Bio::Annotation::OntologyTerm)
- perl(Bio::Annotation::Reference)
- perl(Bio::Annotation::Relation)
- perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
- perl(Bio::Annotation::TagTree)
- perl(Bio::Annotation::Target)
- perl(Bio::Annotation::TypeManager)
- perl(Bio::AnnotationCollectionI)
- perl(Bio::AnnotationI)
- perl(Bio::Assembly::Contig)
- perl(Bio::Assembly::IO)
- perl(Bio::Assembly::Scaffold)
- perl(Bio::Assembly::ScaffoldI)
- perl(Bio::Assembly::Singlet)
- perl(Bio::Cluster::ClusterFactory)
- perl(Bio::Cluster::FamilyI)
- perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
- perl(Bio::Cluster::UniGene)
- perl(Bio::Cluster::UniGeneI)
- perl(Bio::ClusterI)
- perl(Bio::ClusterIO)
- perl(Bio::CodonUsage::IO)
- perl(Bio::CodonUsage::Table)
- perl(Bio::Coordinate::Collection)
- perl(Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair)
- perl(Bio::Coordinate::Graph)
- perl(Bio::Coordinate::MapperI)
- perl(Bio::Coordinate::Pair)
- perl(Bio::Coordinate::Result)
- perl(Bio::Coordinate::Result::Gap)
- perl(Bio::Coordinate::Result::Match)
- perl(Bio::Coordinate::ResultI)
- perl(Bio::DB::BioFetch)
- perl(Bio::DB::DBFetch)
- perl(Bio::DB::EMBL)
- perl(Bio::DB::Expression)
- perl(Bio::DB::Failover)
- perl(Bio::DB::Fasta)
- perl(Bio::DB::Flat)
- perl(Bio::DB::Flat::BDB)
- perl(Bio::DB::GFF)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::ace)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer)
- perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator)
- perl(Bio::DB::GFF::Aggregator)
- perl(Bio::DB::GFF::Featname)
- perl(Bio::DB::GFF::Feature)
- perl(Bio::DB::GFF::Homol)
- perl(Bio::DB::GFF::RelSegment)
- perl(Bio::DB::GFF::Segment)
- perl(Bio::DB::GFF::Typename)
- perl(Bio::DB::GFF::Util::Binning)
- perl(Bio::DB::GFF::Util::Rearrange)
- perl(Bio::DB::GenBank)
- perl(Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor)
- perl(Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper)
- perl(Bio::DB::IndexedBase)
- perl(Bio::DB::NCBIHelper)
- perl(Bio::DB::Query::GenBank)
- perl(Bio::DB::Query::WebQuery)
- perl(Bio::DB::QueryI)
- perl(Bio::DB::RandomAccessI)
- perl(Bio::DB::RefSeq)
- perl(Bio::DB::SeqFeature)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Segment)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader)
- perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb)
- perl(Bio::DB::SeqI)
- perl(Bio::DB::SeqVersion)
- perl(Bio::DB::SwissProt)
- perl(Bio::DB::TFBS)
- perl(Bio::DB::Taxonomy)
- perl(Bio::DB::Taxonomy::list)
- perl(Bio::DB::WebDBSeqI)
- perl(Bio::DBLinkContainerI)
- perl(Bio::Das::FeatureTypeI)
- perl(Bio::Das::SegmentI)
- perl(Bio::DasI)
- perl(Bio::DescribableI)
- perl(Bio::Event::EventGeneratorI)
- perl(Bio::Event::EventHandlerI)
- perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
- perl(Bio::Factory::DriverFactory)
- perl(Bio::Factory::FTLocationFactory)
- perl(Bio::Factory::LocationFactoryI)
- perl(Bio::Factory::MapFactoryI)
- perl(Bio::Factory::ObjectBuilderI)
- perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
- perl(Bio::Factory::ObjectFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SequenceFactoryI)
- perl(Bio::Factory::SequenceProcessorI)
- perl(Bio::Factory::SequenceStreamI)
- perl(Bio::Factory::TreeFactoryI)
- perl(Bio::FeatureHolderI)
- perl(Bio::HandlerBaseI)
- perl(Bio::IdentifiableI)
- perl(Bio::Index::Abstract)
- perl(Bio::Index::AbstractSeq)
- perl(Bio::LiveSeq::AARange)
- perl(Bio::LiveSeq::Chain)
- perl(Bio::LiveSeq::ChainI)
- perl(Bio::LiveSeq::DNA)
- perl(Bio::LiveSeq::Exon)
- perl(Bio::LiveSeq::Gene)
- perl(Bio::LiveSeq::IO::Loader)
- perl(Bio::LiveSeq::Intron)
- perl(Bio::LiveSeq::Mutation)
- perl(Bio::LiveSeq::Prim_Transcript)
- perl(Bio::LiveSeq::Range)
- perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Region)
- perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Unit)
- perl(Bio::LiveSeq::SeqI)
- perl(Bio::LiveSeq::Transcript)
- perl(Bio::LiveSeq::Translation)
- perl(Bio::LocatableSeq)
- perl(Bio::Location::Atomic)
- perl(Bio::Location::CoordinatePolicyI)
- perl(Bio::Location::Fuzzy)
- perl(Bio::Location::FuzzyLocationI)
- perl(Bio::Location::Simple)
- perl(Bio::Location::Split)
- perl(Bio::Location::SplitLocationI)
- perl(Bio::Location::WidestCoordPolicy)
- perl(Bio::LocationI)
- perl(Bio::Map::Clone)
- perl(Bio::Map::Contig)
- perl(Bio::Map::CytoPosition)
- perl(Bio::Map::EntityI)
- perl(Bio::Map::FPCMarker)
- perl(Bio::Map::Gene)
- perl(Bio::Map::GeneMap)
- perl(Bio::Map::GenePosition)
- perl(Bio::Map::GeneRelative)
- perl(Bio::Map::LinkagePosition)
- perl(Bio::Map::MapI)
- perl(Bio::Map::Mappable)
- perl(Bio::Map::MappableI)
- perl(Bio::Map::Marker)
- perl(Bio::Map::MarkerI)
- perl(Bio::Map::OrderedPosition)
- perl(Bio::Map::Physical)
- perl(Bio::Map::Position)
- perl(Bio::Map::PositionHandler)
- perl(Bio::Map::PositionHandlerI)
- perl(Bio::Map::PositionI)
- perl(Bio::Map::PositionWithSequence)
- perl(Bio::Map::Relative)
- perl(Bio::Map::RelativeI)
- perl(Bio::Map::SimpleMap)
- perl(Bio::Map::TranscriptionFactor)
- perl(Bio::MapIO)
- perl(Bio::Matrix::Generic)
- perl(Bio::Matrix::IO)
- perl(Bio::Matrix::MatrixI)
- perl(Bio::Matrix::Mlagan)
- perl(Bio::Matrix::PSM::IO)
- perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSite)
- perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix)
- perl(Bio::Matrix::PSM::Psm)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeader)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::PsmI)
- perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix)
- perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI)
- perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
- perl(Bio::Matrix::Scoring)
- perl(Bio::MolEvol::CodonModel)
- perl(Bio::Nexml::Factory)
- perl(Bio::Ontology::DocumentRegistry)
- perl(Bio::Ontology::OBOEngine)
- perl(Bio::Ontology::Ontology)
- perl(Bio::Ontology::OntologyEngineI)
- perl(Bio::Ontology::OntologyI)
- perl(Bio::Ontology::OntologyStore)
- perl(Bio::Ontology::PathI)
- perl(Bio::Ontology::Relationship)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipFactory)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipI)
- perl(Bio::Ontology::RelationshipType)
- perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor)
- perl(Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine)
- perl(Bio::Ontology::Term)
- perl(Bio::Ontology::TermFactory)
- perl(Bio::Ontology::TermI)
- perl(Bio::OntologyIO)
- perl(Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler)
- perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler)
- perl(Bio::OntologyIO::dagflat)
- perl(Bio::ParameterBaseI)
- perl(Bio::Phenotype::Correlate)
- perl(Bio::Phenotype::MeSH::Term)
- perl(Bio::Phenotype::MeSH::Twig)
- perl(Bio::Phenotype::Measure)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry)
- perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant)
- perl(Bio::Phenotype::Phenotype)
- perl(Bio::Phenotype::PhenotypeI)
- perl(Bio::Phylo::Factory)
- perl(Bio::Phylo::Forest::Tree)
- perl(Bio::Phylo::IO)
- perl(Bio::Phylo::Matrices)
- perl(Bio::Phylo::Matrices::Datum)
- perl(Bio::Phylo::Matrices::Matrix)
- perl(Bio::PhyloNetwork)
- perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactory)
- perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX)
- perl(Bio::PhyloNetwork::muVector)
- perl(Bio::PopGen::Genotype)
- perl(Bio::PopGen::GenotypeI)
- perl(Bio::PopGen::IO)
- perl(Bio::PopGen::Individual)
- perl(Bio::PopGen::IndividualI)
- perl(Bio::PopGen::Marker)
- perl(Bio::PopGen::MarkerI)
- perl(Bio::PopGen::Population)
- perl(Bio::PopGen::PopulationI)
- perl(Bio::PrimarySeq)
- perl(Bio::PrimarySeqI)
- perl(Bio::PullParserI)
- perl(Bio::Range)
- perl(Bio::RangeI)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut)
- perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite)
- perl(Bio::Restriction::EnzymeCollection)
- perl(Bio::Restriction::EnzymeI)
- perl(Bio::Restriction::IO)
- perl(Bio::Restriction::IO::base)
- perl(Bio::Root::Exception)
- perl(Bio::Root::HTTPget)
- perl(Bio::Root::IO)
- perl(Bio::Root::Root)
- perl(Bio::Root::RootI)
- perl(Bio::Root::Version)
- perl(Bio::Search::BlastStatistics)
- perl(Bio::Search::BlastUtils)
- perl(Bio::Search::DatabaseI)
- perl(Bio::Search::GenericStatistics)
- perl(Bio::Search::HSP::BlastPullHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::HSPFactory)
- perl(Bio::Search::HSP::HSPI)
- perl(Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP)
- perl(Bio::Search::HSP::PullHSPI)
- perl(Bio::Search::Hit::BlastPullHit)
- perl(Bio::Search::Hit::GenericHit)
- perl(Bio::Search::Hit::HitFactory)
- perl(Bio::Search::Hit::HitI)
- perl(Bio::Search::Hit::HmmpfamHit)
- perl(Bio::Search::Hit::PullHitI)
- perl(Bio::Search::Iteration::IterationI)
- perl(Bio::Search::Result::BlastPullResult)
- perl(Bio::Search::Result::CrossMatchResult)
- perl(Bio::Search::Result::GenericResult)
- perl(Bio::Search::Result::HmmpfamResult)
- perl(Bio::Search::Result::PullResultI)
- perl(Bio::Search::Result::ResultFactory)
- perl(Bio::Search::Result::ResultI)
- perl(Bio::Search::SearchUtils)
- perl(Bio::Search::StatisticsI)
- perl(Bio::Search::Tiling::MapTileUtils)
- perl(Bio::Search::Tiling::TilingI)
- perl(Bio::SearchIO)
- perl(Bio::SearchIO::EventHandlerI)
- perl(Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder)
- perl(Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder)
- perl(Bio::SearchIO::SearchWriterI)
- perl(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter)
- perl(Bio::SearchIO::XML::BlastHandler)
- perl(Bio::SearchIO::hmmer)
- perl(Bio::Seq)
- perl(Bio::Seq::LargeLocatableSeq)
- perl(Bio::Seq::LargePrimarySeq)
- perl(Bio::Seq::LargeSeqI)
- perl(Bio::Seq::Meta)
- perl(Bio::Seq::Meta::Array)
- perl(Bio::Seq::MetaI)
- perl(Bio::Seq::PrimaryQual)
- perl(Bio::Seq::PrimedSeq)
- perl(Bio::Seq::QualI)
- perl(Bio::Seq::Quality)
- perl(Bio::Seq::RichSeq)
- perl(Bio::Seq::RichSeqI)
- perl(Bio::Seq::SeqBuilder)
- perl(Bio::Seq::SeqFactory)
- perl(Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory)
- perl(Bio::Seq::SequenceTrace)
- perl(Bio::Seq::TraceI)
- perl(Bio::SeqAnalysisParserI)
- perl(Bio::SeqEvolution::EvolutionI)
- perl(Bio::SeqEvolution::Factory)
- perl(Bio::SeqFeature::Amplicon)
- perl(Bio::SeqFeature::Annotated)
- perl(Bio::SeqFeature::Collection)
- perl(Bio::SeqFeature::CollectionI)
- perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::ExonI)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Intron)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
- perl(Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI)
- perl(Bio::SeqFeature::Generic)
- perl(Bio::SeqFeature::Lite)
- perl(Bio::SeqFeature::Primer)
- perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo)
- perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair)
- perl(Bio::SeqFeature::Similarity)
- perl(Bio::SeqFeature::SimilarityPair)
- perl(Bio::SeqFeature::SubSeq)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper)
- perl(Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)
- perl(Bio::SeqFeatureI)
- perl(Bio::SeqI)
- perl(Bio::SeqIO)
- perl(Bio::SeqIO::FTHelper)
- perl(Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler)
- perl(Bio::SeqIO::MultiFile)
- perl(Bio::SeqIO::chadoxml)
- perl(Bio::SeqIO::chaos)
- perl(Bio::SeqIO::game::featHandler)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameHandler)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameSubs)
- perl(Bio::SeqIO::game::gameWriter)
- perl(Bio::SeqIO::game::seqHandler)
- perl(Bio::SeqIO::gcg)
- perl(Bio::SeqIO::nexml)
- perl(Bio::SeqIO::table)
- perl(Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler)
- perl(Bio::SeqUtils)
- perl(Bio::SimpleAlign)
- perl(Bio::SimpleAnalysisI)
- perl(Bio::Species)
- perl(Bio::Structure::Atom)
- perl(Bio::Structure::Chain)
- perl(Bio::Structure::Entry)
- perl(Bio::Structure::IO)
- perl(Bio::Structure::Model)
- perl(Bio::Structure::Residue)
- perl(Bio::Structure::StructureI)
- perl(Bio::Symbol::Alphabet)
- perl(Bio::Symbol::AlphabetI)
- perl(Bio::Symbol::Symbol)
- perl(Bio::Symbol::SymbolI)
- perl(Bio::Taxon)
- perl(Bio::Taxonomy::Taxon)
- perl(Bio::Tools::AlignFactory)
- perl(Bio::Tools::Alignment::Trim)
- perl(Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase)
- perl(Bio::Tools::AnalysisResult)
- perl(Bio::Tools::CodonTable)
- perl(Bio::Tools::GFF)
- perl(Bio::Tools::Genewise)
- perl(Bio::Tools::Genomewise)
- perl(Bio::Tools::GuessSeqFormat)
- perl(Bio::Tools::HMMER::Domain)
- perl(Bio::Tools::HMMER::Set)
- perl(Bio::Tools::IUPAC)
- perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::ModelResult)
- perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::Result)
- perl(Bio::Tools::Prediction::Exon)
- perl(Bio::Tools::Prediction::Gene)
- perl(Bio::Tools::RandomDistFunctions)
- perl(Bio::Tools::Run::GenericParameters)
- perl(Bio::Tools::Run::ParametersI)
- perl(Bio::Tools::Run::Samtools)
- perl(Bio::Tools::Run::StandAloneBlast)
- perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)
- perl(Bio::Tools::SeqPattern)
- perl(Bio::Tools::SeqStats)
- perl(Bio::Tools::SiRNA)
- perl(Bio::Tools::Signalp)
- perl(Bio::Tools::Sim4::Exon)
- perl(Bio::Tools::Spidey::Exon)
- perl(Bio::Tree::AlleleNode)
- perl(Bio::Tree::AnnotatableNode)
- perl(Bio::Tree::Node)
- perl(Bio::Tree::NodeI)
- perl(Bio::Tree::NodeNHX)
- perl(Bio::Tree::RandomFactory)
- perl(Bio::Tree::Tree)
- perl(Bio::Tree::TreeFunctionsI)
- perl(Bio::Tree::TreeI)
- perl(Bio::TreeIO)
- perl(Bio::TreeIO::NewickParser)
- perl(Bio::TreeIO::TreeEventBuilder)
- perl(Bio::TreeIO::newick)
- perl(Bio::TreeIO::nexml)
- perl(Bio::Variation::AAChange)
- perl(Bio::Variation::Allele)
- perl(Bio::Variation::DNAMutation)
- perl(Bio::Variation::IO)
- perl(Bio::Variation::RNAChange)
- perl(Bio::Variation::SNP)
- perl(Bio::Variation::SeqDiff)
- perl(Bio::Variation::VariantI)
- perl(Bio::WebAgent)
- perl(CGI)
- perl(Carp)
- perl(Convert::Binary::C)
- perl(Cwd)
- perl(DBD::Pg)
- perl(DBI)
- perl(DB_File)
- perl(Data::Dumper)
- perl(Data::Stag)
- perl(Data::Stag::XMLWriter)
- perl(Dumpvalue)
- perl(Encode)
- perl(English)
- perl(Error)
- perl(Exporter)
- perl(Fcntl)
- perl(File::Basename)
- perl(File::Copy)
- perl(File::Glob)
- perl(File::Path)
- perl(File::Spec)
- perl(File::Spec::Functions)
- perl(File::Temp)
- perl(FileHandle)
- perl(GD)
- perl(GD::Simple)
- perl(Graph::Directed)
- perl(GraphViz)
- perl(HTML::HeadParser)
- perl(HTML::TableExtract)
- perl(HTTP::Request::Common)
- perl(HTTP::Response)
- perl(IO::File)
- perl(IO::Handle)
- perl(IO::Pipe)
- perl(IO::Socket)
- perl(IO::String)
- perl(IPC::Run)
- perl(LWP) >= 5.640.0
- perl(LWP::UserAgent)
- perl(List::MoreUtils)
- perl(List::Util)
- perl(MIME::Base64)
- perl(Memoize)
- perl(POSIX)
- perl(PostScript::TextBlock)
- perl(SVG) >= 2.260.0
- perl(SVG::Graph)
- perl(SVG::Graph::Data)
- perl(SVG::Graph::Data::Node)
- perl(SVG::Graph::Data::Tree)
- perl(Scalar::Util)
- perl(Set::Scalar)
- perl(Spreadsheet::ParseExcel)
- perl(Storable)
- perl(Symbol)
- perl(Test::Builder)
- perl(Test::Builder::Module)
- perl(Test::Most)
- perl(Text::Balanced)
- perl(Text::ParseWords)
- perl(Text::Wrap)
- perl(Tie::Handle)
- perl(Tie::RefHash)
- perl(Time::HiRes)
- perl(Time::Local)
- perl(Tree::DAG_Node)
- perl(UNIVERSAL)
- perl(URI)
- perl(URI::Escape)
- perl(XML::DOM)
- perl(XML::DOM::XPath)
- perl(XML::LibXML)
- perl(XML::LibXML::Reader)
- perl(XML::Parser::PerlSAX)
- perl(XML::SAX)
- perl(XML::SAX::Base)
- perl(XML::SAX::Writer)
- perl(XML::Simple)
- perl(XML::Twig)
- perl(XML::Writer) >= 0.400.0
- perl(base)
- perl(constant)
- perl(integer)
- perl(lib)
- perl(overload)
- perl(parent)
- perl(strict)
- perl(utf8)
- perl(vars)
- perl(version)
- perl(warnings)
- perl-base >= 2:5.22.2
- rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
- rpmlib(FileDigests) <= 4.6.0-1
- rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
- rpmlib(PayloadIsXz) <= 5.2-1
Obsoletes
- perl-bioperl <= 1.6.901
